نام کاربری:

کلمه عبور:


به خاطر داشتن

[ ]


تاریخ آغاز به فعالیت گروه پژوهشی دراگ دیسکاوری و تاسیس پایگاه دراگ دیسکاوری ایران ژانویه 2015 (دیماه 1393) است.

برای ثبت نام در پروژه ها و دوره های طراحی دارو، اینجا کلیک کنید.


دراگ دیسکاوری در پزشکی مولکولی

دراگ دیسکاوری در حیطه رشته پزشکی مولکولی است و دانشجویان و فارغ التحصیلان پزشکی مولکولی می بایست در این حیطه به روز باشند.

با مطالعه شبیه سازی دارویی و افزایش دانش خود در فارماکولوژی مولکولی گام های موثری در شناخت مکانیسم عمل بیماری ها و پیدا کردن روش های درمانی جدید بر می دارند.

---> ادامه طلب





بازدید از این صفحه امروز
کل بازدید ها: 2
تعداد نفرات بازدید کننده: 2

بازدید از این صفحه در کل
کل بازدید ها: 52096
تعداد نفرات بازدید کننده: 18814

کل سایت
کل بازدید ها: 70738
تعداد نفرات بازدید کننده: 27141













 

 




همکاری های پژوهشی

همکاری در سفارش




ISI Impact factor= 5.49 (Q1)

Kaboli, P.J., Bazrafkan, M., Ismail, P., and Ling, K.-H. (2017). A Novel One-Click Automated Drug Discovery tool: A New Approach Based on Binding Efficiency Indices. FASEB J. 31: 818.7-818.7.
ISI Impact factor= 5.49 (Q1)
برای ثبت نام و مشاهده فهرست کارگاه ها، اینجا کلیک کنید


قبول آنالیز دراگ دیسکاوری برای پایان نامه ها

نويسنده : watson در تاريخ : يكشنبه 7 دي 1393 - 13:13:04 | نظرات0 |  نسخه مناسب برای چاپ

چنانچه دوستانی میخواهند با افزایش داده ها و نتایج خود مقالات کامل تر و متعددی را منتشر نمایند و فرصت آموزش تکنیک های دراگ دیسکاوری را ندارند، می توانند با یک جلسه مشاوره رایگان در مورد طرح خود، کار دراگ دیسکاوری پروژه خود را به ما بسپارند و مطالعات in vitro یا in vivo را که مشغول هستند ادامه دهند. ما بطور پیشرفته ای با جدید ترین روش های روز آنالیز ترکیبات شما را انجام می دهیم.

پروژه دراگ دیسکاوری خود به تنهایی می تواند حتی برای پایان نامه دکترای تخصصی تعریف شود اما چنانچه علاقمند به کارهای آزمایشگاهی نیز هستید میتوانید پروژه دراگ دیسکاوری را به کارهای خود اضافه کنید و یک ابر پروژه تحصیلی داشته باشید که نتایج شگفت انگیزی را به شما می دهد.



بسیاری از دوستان بر روی فارماکولوژی و خواص درمانی داروها (غالبا با منشا گیاهی) کار می کنند. این دوستان یا از گیاه خاصی عصاره میگیرند و یا اینکه بر روی یک داروی خالص شده که خریداری کرده اند کار می کنند. پیشنهاد می شود دوستانی که در زمینه دارو مطالعه میکنند، چه این مطالعات in vitro و چه in vivo است، حتما مطالعات in silico را به کار خود اضافه کنید.

مطالعات in silico و دراگ دیسکاوری (طراحی دارو و پیشبینی فعالیت بیولوزیکی دارو توسط کامپیوتر = Computer-Aided Drug designing ) ، چنین مطالعاتی پایان نامه کارشناسی ارشد و دکترا را بسیار قوی می کند.
زیرا بررسی اثرات ضد میکروبی، ضد دردی، و حتی ضد سرطانی عصاره های گیاهی در ژورنال های خوبی قابل چاپ نیستند و هزینه چاپ ژورنال های ضعیف هم زیاد است و گاهی ممکن است بیش از یک سال مقالات شما توسط ژورنال های مختلف مردود شوند تا در نهایت ایا موفق شوید یا نشوید. لذا پیشنهاد می شود کار دراگ دیسکاوری را به مطالعات خود اضافه کنید.

حال شما می توانید فقط از خدمات دراگ دیسکاوری که توسط ما انجام می شود استفاده کنید و به هیچ عنوان نیازی نیست خود شما در ورک شاپ ها یا پروژه های ما شرکت کنید. بدینصورت شما در زمان صرفه جویی میکند و هم زمان که کار خود را پیش میبرید تنها طیف کروماتوگرافی عصاره خود را که میتواند HPLC، یا NMR و یا حتی GC-MS باشد را برای ما ارسال کنید و سه ماه زمان بدهید.

شما علاوه بر اینکه ترکیبات موجود در عصاره خود  به ما می دهد که ما تک تک مولکول ها را شبیه سازی نماییم، می بایست بیماری مورد مطالعه خود را و مسیرهای پیام رسانی که مورد نظر شما است را نیز به ما اعلام کنید و بصورت خیلی تخصصی برای تمام اجزای موجود در عصاره شما بصورت جداگانه بر روی پروتئین ها و رسپتورهای جداگانه انالیز دقیق انجام داده و نتایج آن در اختیار شما قرار داده می شود.

توضیح: در این نوع همکاری، پایگاه دراگ دیسکاوری ایران صرفا به عنوان یک کار اجرایی پروزه شما را تعریف کرده و طی سه تا شش ماه نتیجه را به شما گزارش داده و هیچگونه حقی را برای خود در مقالات شما قائل نیست. بدین معنی که نیازی نیست اسم همکاران ما را در مقالات ذکر نمایید و فقط در بخش Acknowledgement همانطور که در اینجا توصیح داده شده است، ذکر می شود). اما چنانچه مشاوره مقاله خواستید ، مقوله متفاوتی است در زمان خود، تصمیم گیری در مورد مقاله با شماست.

جهت روشن شدن مطلب: تعداد آنالیز و اطلاعات می تواند زیاد باشد. بدین صورت که شما مثلا عصاره ای که دارید در طیف آن به عنوان مثال 50 ترکیب مختلف را گزارش داده است. و شما میخواهید اثر آن را بر روی سرطان بررسی کنید. میتوانید مسیرهای مختلف سرطان زا را مثل تقسیم سلولی (پروتئین های سایکلین D، و E و غیره)، پیام رسانی سیتوپلاسمی (نظیر پروتئین های IP3K، و Act و mTOR و غیره)، و همچنین گیرنده های سطح سلولی (نظیر Her2 یا Her3 و EGFR و غیره) و حتی پروتئین های متاستاز (نظیر BMI و مسیر بتا کاتنین) و حتی پروتئین های آنژیوژنز (نظیر VEGFR) را تصمیم بگیرید آنالیز کنید و اگر هم اطلاعات پیام رسانی سلولی قوی نداشته باشید ، ما به شما کمک میکنیم که انتخاب درست بکنید.

نکته مهم این است که طراحی یک پژوهش in silico با طراحی یک پزوهش in vitro متفاوت است. دقیقا به همان ترتیبی که طراحی آزمایشات in vitro با in vivo متفاوت است. بدین معنی که ما راهنمایی میکنیم کدام ترکیبات را می شود به عنوان هدف انتخاب کرد که طراحی مناسبی از یک پروزه دراگ دیسکاوری باشد.

پی نوشت: لازم به توضیح نیست که زمانی که یک ترکیب دارویی بررسی می شود، اینکه بر روی درمان یا پروتئین هدف شما تاثیر داشته باشد منوط به انجام یک پروژه است. زیرا چنانچه پاسخ مثبت باشد و از قبل شما پاسخ را بدانید که کار تحقیقاتی نیست. بنابراین شما فقط مشکوک هستید که ان گیاه ممکن است برای سرطان پستان موثر باشد ولی پس از انجام کار می تواند موثر نباشد، و یا تنها بر روی 5 یا 15 و یا تمام 20 تارگت شما موثر باشد. لذا این امر بعد از انجام کار مشخص می گردد.

در نتیجه ضمن اینکه شما در انتخاب تارگت راهنمایی میگیرید، بعد از آزمایشات دراگ دیسکاوری هم پاسخ های مثبت و هم پاسخ های منفی برای شما محسوب می شوند. لذا شما پیشنهاد می شود حداقل 5 تارگت را با حداقل 20 مولکول شیمیایی (لیگاند) در نظر بگیرید که هم پاسخ مثبت داشته باشید و هم پاسخ منفی، تا انالیز خیلی خوبی و مباحث خیلی خوبی را در مقاله خود طرح کنید.

نکته قابل توجه: استفاده از شبیه سازی های مولکولی برای دوستان و همکارانی که امکانات آزمایشگاهی زیادی ندارد و بودجه پژوهشی محدود تری دارند، قابل استفاده است.

------------- ( توجه مهم ) -------------

شبیه سازی نیز همانند کار آزمایشگاهی سطوح مختلفی دارد و مقوله خیلی پیچیده و گسترده ای است. کار بر روی مولکول های شما به دو صورت انجام می شود و در دو طرح با دو هزینه متفاوت است در صورت نیاز به توصیحات بیشتر لطفا تماس بگیرید.

طرح نخست) آنالیز استاندارد:

شامل:


1) شبیه سازی داکینگ مولکولی ده ترکیب برتر عصاره شما و 5 تارگت و پروتئین سلولی که در بیماری (مثل سرطان) دچار نقص هست.

2) تعداد تکرار ها برای هر آزمایش بین یک لیگاند و یک تارگت بر روی ده تنظیم می شود.

3) بررسی پیوندهای هیدروژنی و هیدروفوبیک بصورت دقیق (شامل نیروهای واندروالسی، پی-پی، پی-سیگما، الکتروستاتیک و غیره بین هر لیگاند و هر تارگت )

4) محاسبه انرژی آزاد بین هر لیگاند و هر تارگت برای هر تکرار (بدین معنی که انرژی برای هر لیگاند و تارگت ده بار محاسبه شده تا صحت آزمایش تایید شود)

5) شبیه سازی اثر دارو بر روی موجود زنده بصورت فیزیولوژیک و پیشبینی میزان سمیت دارو (ADMET)

6) جداول انرژی محاسباتی برای تمام واکنش ها، عکس های مناسب از برهمکنش هر لیگاند با جایگاه فعال و اسید های امینه آنزیم، چندین جدول که خلاصه دستاورد شبیه سازی عصاره شما را نشان می دهد و بصورت لیست که شامل چندین جدول مفصل می شود: 1) جدول پیوندهای بین مولکولی در کل لیگاندها و مقایسه آنها، 2) جدول دارونمایی عصاره شما و شاخص هایی که سبب می شود شما توضیح دهید که چقدر عصاره شما توانایی جذب در بدن را دارد (نظیر میزان قطبیت و سطح و توپولوژی قطبی، LogP، LogS و غیره)، فهرست ویژگی های توکسیسیتی عصاره بصورت تفکیک شده برای ده لیگاند برتر موجود در عصاره (این برتریت را ما تعیین میکنیم و سپس اطلاعات مرتب می شوند که محقق سر در گم نشود و علاوه بر اطلاعات خام بصورت چندین فایل اکسل نیز دریافت می کند)

7) ما اطلاعات را بصورت کامل برای شما ارسال می کنیم اما نوشتن مقاله با خود شما هست مگر اینکه از طرح های مقاله نویسی (اینجا) انتخاب کرده و درخواست دهید.

8) هزینه آنالیز استاندارد: 950000 تومان
(جهت سفارش بر روی لینک زیر کلیک کنید)



زمان ارسال نتایج به شما در آنالیز استاندارد: 4 ماه
-------------------------------------------------------

طرح دوم) آنالیز فوق پیشرفته (بسته کامل):


شامل:

1) انجام شبیه سازی داینامیک مولکولی

2) بعد از عملیات داکینگ مولکولی و محاسبات انرژتیک باید وضعیت دارو در محیط واقعی که محلول وجود دارد و پروتئین متحرک است بررسی شود. بدینوسیله باید محاسبات پیچیده ای صورت گیرد که اجرای الگوریتم ها و برنامه های کامپیوتری آن بصورت 24 ساعته و با یک کامپیوتر هشت هسته ای مستقل که برای این منظور تهیه شده است انجام می شود.

3) آنالیز بر روی سه نوع کریستال متمایز اشعه ایکس برای هر پروتئین صورت گیرد. چنانچه عملیات شبیه سازی هیچگونه تاییدیه آزمایشگاهی نداشته باشد، ژورنال ها میخواهند که محاسبات داینامیک مولکولی با سه کریستال مختلف صورت گیرد و انتشار مقاله را اسان تر می کند و تقریبا شانس انتشار مقاله شما بر پایه شبیه سازی مولکولی به 100 درصد می رسد. زیرا محاسبات شبیه سازی نیز مثل هر روش آزمایشگاهی بصورت مقوماتی و پیشرفته است و بسته به زحمتی که کشیده می شود، ژورنال مورد نظر تعیین می شود.

4) مطالعات فوق پیشرفته بر روی عصاره شما بعد از مطالعات استاندارد است و این دو مطالعه یکدیگر را کامل می کنند.

5) اگر فردی هستید هیچگونه بینش و اطلاعاتی نسبت به شبیه سازی کامپیوتری ندارید پیشنهاد می شود در طرح پیشرفته را برای عصاره خود انتخاب کنید.

6) برای محاسبات فوق پیشرفته می توانید شما نخست طرح استاندارد را انجام دهید و پس از آماده شدن نتایج پس از حدود سه ماه درخواست خود را برای محاسبات فوق پیشرفته داینامیک مولکولی بدهید. اگرچه درخواست همزمان کار را سرعت می دهد. در این صورت ما به تفاوت قیمت محاسبه می شود.

7) زمان در نظر گرفته شده برای داینامیک مولکولی حداقل سه ماه پیشبینی می شود. از آنجاییکه ما یک سیستم مخصوص این کار داریم و فقط در لحظه و بصورت چندین هفته متوالی و بصورت 24 ساعته (بدون خاموش شدن) بر روی یک درخواست آنالیز صورت میگیرد، بسته به اینکه چه تعداد درخواست موجود باشد این مدت بین 3 ماه تا 6 ماه متغیر خواهد بود.

8) بسته کامل شامل تمام موارد آنالیز استاندارد می باشد، و نیاز نیست برای آنالیز استاندارد سفارش دهید.

9) ما هیچ مسئولیتی نسبت به مقاله نداریم و اطلاعات و تفسیرهای آنها را برای شما می فرستیم. برای مقاله نوشتن توانایی فردی نیز لازم است. (چنانچه درخواست برای همکاری در امور مقاله داشته باشید می توانید طرح های مختلف ما را در اینجا ببینید)

10) هزینه آنالیز استاندارد + داینامیک مولکولی: 1،900،000 تومان
(برای سفارش بر روی لینک زیر کلیک کنید)



زمان ارسال نتایج به شما در آنالیز کامل: 6-8 ماه

جهت تماس و پیگیری با پست الکترونیک زیر تماس بگیرید: researchgroups©drugdiscovery.ir





چنانچه دانشجویان علاقمند هستند بر روی داروهای شیمیایی یا گیاهی کار کنند و یا از طرف استاد ایشان به عنوان داروی ضد باکتری، ضد سرطان، و غیره قصد مطالعه بر روی ترکیب خود را دارند، با ما مشورت کنند تا پایان نامه ایشان تبدیل به یک پروزه زیبای دراگ دیسکاوری شود. یا با همفکری با ما آنالیز دراگ دیسکاوری کار خود را نیز به ما بسپارند تا اطلاعات و نتایج حاصل از پایان نامه چندین برابر شده و مقالات متعددی را پشتیبانی کنند.

دانشجویان این رشته ها می توانند برای پایان نامه کارشناسی ارشد و دکترای تخصصی خود به ما مراجعه کنند:

- زیست شناسی ---> سلولی و مولکولی - بیوشیمی - بیوفیزیک - ژنتیک - میکروبیولوژی - بیوتکنولوژی - بیوانفورماتیک - علوم گیاهی - فیزیولوزی جانوری
- شیمی ---> شیمی آلی - بیوشیمی
- کامپیوتر ---> نرم افزار - بیوانفورماتیک
- علوم پزشکی ---> پزشکی - دامپزشکی - داروسازی - فارماکولوژی - پزشکی مولکولی



تذکر مهم: چنانچه داروی خاصی را مورد نظر خود دارید یا از گیاه خاصی عصاره گیری کرده اید که می خواهید اثر آن را برای درمان بیماری ها از طریق مکانیسم های مولکولی بررسی نمایید می توانید با ایمیل زیر تماس گرفته و طرح پیشنهادی خود را مطرح نمایید تا امکان انجام آن در یک یا چند پروژه دراگ دیسکاوری بررسی شود:

pjabbarzadeh@gmail.com



PhD (ongoing) in:
Molecular Medicine
-
Researcher and lecturer in:
Cancer Drug Discovery
Biochem-informatics
Systems Pharmacology

ParhamAcademy.com



This site is powered by ParhamAcademy.com.
Designer : Mr Mirabootalebi
زمان بازسازي صفحه :0.2982 ثانيه, 0.0091 براي هر جستجو .